Ученые разрабатывают новое ПО для раскрытия происхождения рака
Может ли знание того, откуда произошли ваши предки, быть ключом к лучшему лечению рака?
Как мы можем проследить наследственные корни рака до сегодняшних дней? По мнению профессора-исследователь Лаборатории Колд-Спринг-Харбор (CSHL) Александра Красница, ответы могут лежать глубоко в обширных базах данных и больничных архивах, содержащих сотни тысяч образцов опухолей.
Профессор и научный сотрудник CSHL Паскаль Белло работают над выявлением генеалогической связи между раком и расой или этнической принадлежностью. Они разработали новое программное обеспечение , которое точно определяет континентальное происхождение по ДНК и РНК опухоли. Их последнее исследование опубликовано в журнале Cancer Research. Их работа может помочь клиницистам разработать новые стратегии раннего выявления рака и персонализированного лечения.
«Почему люди разных рас и национальностей заболевают разными видами рака с разной скоростью? У них разные привычки, условия жизни, воздействия — все виды социальных и экологических факторов . Но может быть и генетический компонент», — говорит Красница.
Команда ученых обучила свои программные инструменты, используя гибридные профили ДНК. Они создали эти профили из раковых и неродственных свободных от рака геномов известного происхождения. Затем они проверили работу ПО на образцах рака поджелудочной железы, яичников, молочной железы и крови у пациентов с известным происхождением. Команда обнаружила, что ПО сопоставило их гибридные профили с континентальным населением с точностью более 95%.
«У нас есть хорошая модель, на которую можно опираться. Но очень немногие люди происходят от одного предка. Мы все в какой-то степени смешаны. Поэтому сейчас мы работаем над тем, чтобы заглянуть глубже, протестировать образцы опухолей неизвестного происхождения, выявить смешение предков и добиться большей региональной специфичности». Насколько конкретно? А пока представьте себе Западную Африку, а не Восточную Африку», — говорит профессор.
Ученые недавно присоединились к исследованию колоректального рака в сотрудничестве с Northwell Health и SUNY Downstate Medical Center. Исследование позволяет им изучить, как колоректальный рак мутирует гены в зависимости от конкретной расы или этнической принадлежности. Они надеются еще больше усовершенствовать свое ПО, чтобы сделать вывод о происхождении не только целых геномов, а и каждой отдельной последовательности в них.
Читайте также: Кроме визуального отображения диаметра кратера на карте, симулятор также покажет, какой глубины будет кратер и насколько мощным будет взрыв в тротиловом эквиваленте. Подробнее: Появился симулятор падения астероида на Землю
Как мы можем проследить наследственные корни рака до сегодняшних дней? По мнению профессора-исследователь Лаборатории Колд-Спринг-Харбор (CSHL) Александра Красница, ответы могут лежать глубоко в обширных базах данных и больничных архивах, содержащих сотни тысяч образцов опухолей.
Профессор и научный сотрудник CSHL Паскаль Белло работают над выявлением генеалогической связи между раком и расой или этнической принадлежностью. Они разработали новое программное обеспечение , которое точно определяет континентальное происхождение по ДНК и РНК опухоли. Их последнее исследование опубликовано в журнале Cancer Research. Их работа может помочь клиницистам разработать новые стратегии раннего выявления рака и персонализированного лечения.
«Почему люди разных рас и национальностей заболевают разными видами рака с разной скоростью? У них разные привычки, условия жизни, воздействия — все виды социальных и экологических факторов . Но может быть и генетический компонент», — говорит Красница.
Команда ученых обучила свои программные инструменты, используя гибридные профили ДНК. Они создали эти профили из раковых и неродственных свободных от рака геномов известного происхождения. Затем они проверили работу ПО на образцах рака поджелудочной железы, яичников, молочной железы и крови у пациентов с известным происхождением. Команда обнаружила, что ПО сопоставило их гибридные профили с континентальным населением с точностью более 95%.
«У нас есть хорошая модель, на которую можно опираться. Но очень немногие люди происходят от одного предка. Мы все в какой-то степени смешаны. Поэтому сейчас мы работаем над тем, чтобы заглянуть глубже, протестировать образцы опухолей неизвестного происхождения, выявить смешение предков и добиться большей региональной специфичности». Насколько конкретно? А пока представьте себе Западную Африку, а не Восточную Африку», — говорит профессор.
Ученые недавно присоединились к исследованию колоректального рака в сотрудничестве с Northwell Health и SUNY Downstate Medical Center. Исследование позволяет им изучить, как колоректальный рак мутирует гены в зависимости от конкретной расы или этнической принадлежности. Они надеются еще больше усовершенствовать свое ПО, чтобы сделать вывод о происхождении не только целых геномов, а и каждой отдельной последовательности в них.
Комментарии 0